El agua dulce superficial está disponible estacionalmente, proveniente de ríos, estanques y pantanos en la mayor parte del departamento. Pero es escasa o inexistente en las tierras húmedas costeras y en el estuario del Estero Real, donde sí están disponibles cantidades de agua de salobre a salina. En general, en casi todo el departamento el acceso a los puntos de toma de agua y su desarrollo no es difícil.

Las mejores áreas para la exploración de agua subterránea son los acuíferos aluviales de la era Cuaternaria a la Reciente, donde existen de pequeñas a muy grandes cantidades de agua dulce. Estos acuíferos —compuestos de arena no consolidada y grava intercalada con barro y sedimento— se encuentran a profundidades que oscilan entre los 5 y 60 metros. Cantidades mayores están disponibles a medida que el porcentaje de barro y sedimento en el acuífero disminuye.

Se ha reportado que los pozos en el área de Chinandega producen más de 67 litros por segundo. El agua subterránea es de suave a moderadamente dura. Zonas de agua salada atraviesan por debajo de las zonas de agua dulce en el área costera, por lo tanto, se debe tener precaución cuando se bombea el agua para evitar la intrusión de agua salada.

Asimismo, de pequeñas a enormes cantidades de agua dulce están disponibles provenientes de fuentes que son alimentadas por fracturas y zonas de contacto dentro de depósitos volcánicos.

En el departamento, Enacal opera 34 pozos en 8 diferentes localidades.