El agua dulce superficial está disponible de acuerdo a la estación. De pequeñas a muy grandes cantidades se pueden obtener durante la estación lluviosa, que normalmente va de mayo a noviembre. Pero en la estación seca (verano), que va de diciembre a abril, escasas cantidades de agua están disponibles. Todos los ríos menos los más grandes se secan por períodos largos durante la época de verano.

Las mejores zonas para la exploración del agua subterránea son los acuíferos aluviales localizados en el extremo sur del Departamento a lo largo del Lago de Nicaragua. El agua subterránea es suave a moderadamente dura. Los acuíferos poco profundos pueden estar biológicamente contaminados cuando están cerca de las poblaciones. Cuando los acuíferos aluviales se desarrollan en forma correcta, son adecuados para pozos municipales y de irrigación.

En la parte sudoeste del departamento, de pequeñas a enormes cantidades de agua dulce están disponibles provenientes de fuentes localizadas en fracturas y zonas de contacto dentro de depósitos volcánicos, aunque el agua subterránea es generalmente dulce, también es ligeramente alcalina y varía en temperatura de caliente a fría debido a la actividad geotérmica.

Enacal opera actualmente 21 pozos en todo el Departamento.