Aunque formalmente existe un mayor número de cuencas, para efectos pedagógicos hemos conceptuado tres grandes macrocuencas, siendo estas la ya referida zona de drenaje de la Costa del Caribe; la zona o región de drenaje por el Río San Juan (Lago Cocibolca); y la región que drena por la costa del Pacífico.

Como lo señalamos el drenaje de la costa del Caribe es abundante y perenne proveniente de ríos, lagunas y pantanos. Estas fuentes son numerosas y cercanas entre sí, entre otras razones por la gran cantidad de lluvia asociada con el clima tropical húmedo.

La región de drenaje del Río San Juan incluye los ríos que desembocan inicialmente en los dos lagos. La mayoría de ellos tienen un carácter estacional e intermitente pues dejan de correr durante la estación seca de diciembre a abril. El Río San Juan, por el cual desagua el Lago de Nicaragua, es perenne.

Por su parte, los ríos que desembocan en el océano Pacífico cada día son menos y de poco caudal.