Hay que insistir en que estos recursos tienen un comportamiento estacional y su distribución territorial es desigual. Esta desigualdad se expresa en zonas de drenajes o territorios con distintas características.

Así, casi la mitad nor-oriental del país —compuesta por las dos regiones autónomas, RAAN. y RAAS—, posee abundancia de agua superficial. Los ríos constituyen las principales fuentes de agua, además de que existen lagunas costeras con agua de salobre a salina y estuarios. Aproximadamente el 96% del agua superficial anual entra en el Mar Caribe.

El hecho real es que en la otra mitad del país —la zona Central y la del Pacífico—, vive aproximadamente el 90% de la población y la disponibilidad de agua superficial es altamente estacional. La mayoría de los ríos en el Pacífico del país se secan durante la estación seca de diciembre a abril. Sequías recientes han impactado aun más la disponibilidad de agua superficial, con el agravante de que el Lago Xolotlán (de Managua) está contaminado y de estar contaminándose el Lago Cocibolca, principal reserva de agua dulce que posee Nicaragua.

Los principales problemas de contaminación de las aguas superficiales en Nicaragua obedecen a:

• Contaminación por pesticidas y agroquímicos en áreas de cultivos intensivos: caña de azúcar, café, banano, vegetales y otros cultivos;
• Descarga de aguas servidas o negras provenientes de ciudades y áreas populosas;
• Descarga de desechos industriales, incluyendo mercurio y cianuro proveniente de áreas mineras; y
• Erosión excesiva causada por la deforestación.