A pesar de que el país posee 2,220 kilómetros de vías acuáticas navegables sin incluir los dos grandes lagos (el Xolotlán o de Managua y el Cocibolca o de Nicaragua), la navegación fluvial o lacustre está muy poco desarrollada.

Inclusive a nivel del mar, sólo existen seis puertos marítimos, tres en la costa del Pacífico y tres en la del Atlántico, por lo demás mal equipados, de tal forma que la carga marítima entra y sale en su mayoría por puertos de las vecinas repúblicas de Honduras y Costa Rica.

Aunque a nivel primitivo o muy deficiente, los ríos constituyen la principal vía de transporte en la región del Caribe, incluyendo la travesía de Managua a Bluefields que en la parte acuática dura 5 horas en bote navegando en el Río Escondido.

El Río San Juan —con el que periódicamente se enardece el patriotismo nicaragüense—, está casi abandonado y contaminado por las escorrentías de los cultivos de la zona, los desechos de San Carlos y con mayor fuerza por las bananeras y otros cultivos de exportación en el territorio costarricense y con el peligro de que la minería a cielo abierto lo impacte más negativamente.

El histórico canal sobre ese río continúa siendo un sueño sobre el cual esporádicamente se constituyen compañías para obtener en beneficio de voraces comerciantes o políticos, ganancias especulativas.