La Empresa inyecta cloro-gas al agua que es extraída de la laguna de Asososca, ríos y pozos en todo el país, para su desinfección y posterior consumo. Además, el proceso de potabilización puede incluir fases de filtración, sedimentación y floculación, para asegurar que las familias tengan agua limpia y sin componentes dañinos para la salud.

Diariamente, el Departamento de Calidad del Agua de ENACAL realiza monitoreo y muestreo de las fuentes de agua de consumo humano, superficiales y subterráneas.

En los laboratorios, que están bien equipados, se analizan las muestras bajo parámetros físico-químicos, bacteriológicos, de metales pesados y pesticidas, para determinar la presencia de nitratos, coliformes fecales, mercurio, etc., y analizar el color y sabor del agua.

Las Plantas de Tratamiento de Agua Potable, pozos, sistemas de cloración y los laboratorios de la Empresa, se rigen bajo normas de calidad de agua para consumo humano dictadas por el comité Coordinador Regional de Centroamérica, Panamá y República Dominicana (CAPRE); y certifican a nivel nacional agua potable cuya calidad se destaca en la región.

De igual manera, la Empresa realiza frecuentes controles de calidad a las Plantas de Tratamiento y de reactivos químicos. También, invierte más de 30 millones de córdobas anuales para la modernización de la infraestructura y condiciones de los laboratorios, donde trabajan profesionales especializados y dispuestos a brindar el mejor servicio a la población.